شهید مفتح را نماد وحدت حوزه و دانشگاه می دانند؛ چه آنکه او که خود از دو تفکر حوزوی و دانشگاهی تأثیر پذیرفته بود، در نزدیک کردن این دو نهاد علمی کوشش ها کرد. او معتقد بود که دانشگاهیان، با فراگیری علوم اسلامی و ایجاد روح زهد و تقوا در میان دانشگاه ها می توانند در راه ایجاد محیطی آماده که به تربیت متخصصان همت می گمارد، تلاش کنند. وی همچنین معتقد بود حوزویان باید به علوم روز مسلط شوند و از این راه در راه تبلیغ معارف الهی، گام بردارند.
شهید مفتح خود در جایی می گوید: «اگر بین دو قشر روحانی و دانشگاهی اختلافی پدید آمد و قشر روشن فکر برای خود راهی پیش گرفت و قشر مذهبی راهی دیگر، مطمئن باشید اولین مرحله شکست و عقب نشینی و بدبختی همین جاست».
مقاله آن شهید بزرگوار با عنوان «وحدت مسجد و دانشگاه» که در حدود سال های 1340 در نشریه مکتب اسلام چاپ شده، به خوبی از اندیشه و تلاش علمی او در کنار تلاش های عملی اش در زمینه ایجاد چنین وحدتی و تأکید بر ضرورت وجودی آن خبر می دهد.
وحدت حوزویان و دانشگاهیان؛ دغدغه مهم مهار انقلاب
بی تردید، وحدت حوزه و دانشگاه جزو مهم ترین و کلیدی ترین اهداف حضرت امام خمینی رحمه الله بوده است. ایشان بارها و در سخنرانی های گوناگون، خواستار تحقق چنین وحدت پربرکتی میان دانشگاهیان و حوزویان به عنوان دو قشر اندیشمند و برنامه ریز جامعه اسلامی بودند.
حضرت امام در سخنرانی 27 آذر سال 1361 در این باره چنین فرمود: «دانشگاه و حوزه های علمیه می توانند دو مرکز باشند برای تمام ترقیات و تمام پیشرفت های کشور و می توانند دو مرکز باشند برای تمام انحرافات و انحطاطات کشور... . اگر دانشگاه واقعا دانشگاه باشد و دانشگاه اسلامی باشد، یعنی در کنار تحصیلات، در آنجا تهذیب هم باشد، تعهد هم باشد، یک کشوری را اینها می توانند به سعادت برسانند».
وحدت حوزه و دانشگاه؛ وصیت کلیدی امام
امام خمینی رحمه الله در وصیت نامه سیاسی ـ الهی خویش، وحدت حوزه و دانشگاه را خواستار می شود و می نویسد: «توصیه این جانب آن است که نسل حاضر و آینده غفلت نکنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب علوم اسلامی، پیوند دوستی و تفاهم را محکم تر و استوارتر سازند و از نقشه ها و توطئه های دشمن غدار غافل نباشند و به مجرد آنکه فرد یا افرادی را دیدند که با گفتار و رفتار خود، درصدد است بذر نفاق بین آنان افکند، او را ارشاد و نصیحت نمایند و اگر تأثیر نکرد، از او روگردان شوند و او را به انزوا کشانند و نگذارند توطئه ریشه دواند که سرچشمه را به آسانی می توان گرفت. مخصوصا اگر در اساتید کسی پیدا شد که می خواهد انحراف ایجاد کند، او را ارشاد و اگر نشد، از خود و کلاس خود طرد کنند و این توصیه بیشتر متوجه روحانیون و محصلین علوم دینی است و توطئه ها در دانشگاه ها از عمق ویژه ای برخوردار است و هر دو قشر محترم که مغز متفکر جامعه هستند، باید مواظب توطئه ها باشند».

